Se fundó el 29 de marzo de 1785. La Casa de Educación del Primer Obispo de Mérida, Fray Juan Ramos de Lora, recogió la tradición estudiantil iniciada por el Colegio de Estudios Superiores de la Compañía de Jesús (1628-1767). La Casa de Estudios se convirtió en Seminario Conciliar (1787). Con la Declaración de Independencia (1810), el Cabildo de Mérida elevó el Colegio a la categoría de Universidad, como la Universidad de San Buenaventura de Mérida, siendo así la segunda de Venezuela. El Seminario fue cerrado en 1873 por disposición del Presidente Guzmán Blanco. Continuó en el Colegio Episcopal de Mons. Román Lovera y en el Colegio Sagrado Corazón de Jesús de La Grita (1885-1897). Entre 1897 y 1901 funcionó en Scharpenheuvel, Curazao bajo la advocación de la Inmaculada Concepción. Volvió a Mérida bajo la dirección del clero diocesano, hasta 1912-1914, que estuvo bajo la dirección de los Padres Dominicos Holandeses. De nuevo lo retomó el clero diocesano hasta 1924 en que fue confiado a los Padres Eudistas. En 1970 pasó al clero diocesano hasta 1983 en que fue confiado a un equipo mixto de sacerdotes diocesanos y Padres Eudistas. Ese mismo año se abrió de nuevo el Seminario Mayor.

El 29 de marzo de 1785 el primer obispo de Mérida Fray Juan Ramos de Lora, funda la “Casa de Educación de Jóvenes inclinados al Estado Eclesiástico”; antecedente fundacional del Seminario Arquidiocesano y la Universidad de Los Andes. El 1º de noviembre de 1785, se dedica aquel retoño formativo, al insigne Doctor de la Iglesia San Buenaventura. Ya para el año 1789 adquiere la categoría de Real Colegio Seminario, con la facultad de conferir títulos reconocidos ante las universidades y audiencias colegiales.
El 17 de noviembre de 1803, el Obispo Santiago Hernández Milanés dota al Seminario de sus constituciones. El 18 de junio de 1806, Carlos IV expidió la Real Cédula por la que concede al Seminario conferir grados mayores y menores en filosofía, teología y derecho canónico. El 4 de diciembre de 1808, haciendo efectivo el recurso de equivalencia, sale la primera promoción de doctores, entre los que figura el Pbro. Buenaventura Arias; doctor en teología, quien pasó a ser rector del Seminario y posteriormente obispo de Mérida.
El 21 de septiembre de 1810 la Junta Gubernativa de la Provincia confiere el título de Universidad al Real Colegio Seminario. En 1812, destruido por el terremoto, el Seminario pasa a Maracaibo con la denominación de Real Colegio de San Fernando. El 10 de diciembre de 1821, el Obispo Lasso de La Vega reinstala el Seminario en Mérida.
En 1832, bajo la primera presidencia de Páez, se decreta el deslinde entre Seminario y Universidad. Esta recibe la denominación de “Universidad de Los Andes”. El 21 de septiembre de 1872 el presidente Guzmán Blanco ordena la extinción de los Seminarios de toda Venezuela. Providencialmente el Colegio Sagrado Corazón de Jesús de La Grita, bajo la rectoría de Mons. Jáuregui Moreno logra la formación de 54 futuros sacerdotes, en los primeros 14 años de esta larga penuria religiosa.
En 1896 el Obispo Antonio Ramón Silva, ante las condiciones adversas que aún perduran en el país, opta por trasladar el Seminario a Curazao. En 1900 retorna a Venezuela la cordura religiosa y también el Seminario a su sede merideña. En 1926, por diligencias del mismo Mons. Silva, los RR. PP. Eudistas toman la rectoría del Seminario.
El 18 de septiembre de 1953, el Seminario estrena su sede definitiva, al final de la calle Ayacucho. El mérito de este esfuerzo está unido al recuento del segundo arzobispo emeritense Mons. Acacio Chacón Guerra, de grata memoria. En octubre de 1983 Mons. Miguel Antonio Salas V Arzobispo, decide la reapertura de los cursos de filosofía y teología y enrumba nuevamente el Seminario hacia su nuevo despertar.
El 29 de marzo de 1985 el seminario celebró en grande su Bicentenario con acciones de gracias a la Providencia y en medio del júbilo y del reconocimiento que le proporciona la Iglesia y a la comunidad emeritense. Durante tres años, 1984-1987, siendo auxiliar de esta Arquidiócesis y residenciado en el Seminario, fue rector del mismo Mons. Baltazar Enrique Porras Cardozo, con la colaboración directa del Pbro. Eduardo Conteras Pernía.
El 29 de marzo del 2006 se realizaron la Primeras Jornadas Académicas sobre Fray Juan Ramos de Lora, durante el año Rectoral del Pbro. Alexander Rivera Vielma. En 2015 es electo Mons. Juan de Dios como III Obispo de El Vigía – San Carlos del Zulia. Este nombramiento se llevó a cabo al finalizar su trienio como rector. Para el 2017 se realizaron grados en filosofía y teología para los sacerdotes en convenio con la Universidad Católica Santa Rosa de Lima.
Para marzo de 2020 se llevó de cabo la primera jornada sobre Filosofía de la Religión a cargo del Dr. Ricardo Contreras, en la cual se contó con ponencias por parte de los jóvenes del II de Discipular. Esto como primer paso para la concreción del convenio con la Universidad de Los Andes, en el que se permitiría a los futuros sacerdotes aspirar a una carrera civil en la rama de la educación. En 2021 se realiza una actualización de las asignaturas gracias al equipo formador y demás profesores.
Hoy más que nunca ante los nuevos retos y desafíos que nos plantea la sociedad moderna, nos urge adecuar los procesos formativos que den respuestas claras y precisas a la realidad del hombre de hoy, con la finalidad de formar hombres de Dios, dispuesto a dejarlo todo por el bien de las almas.
El escudo de nuestra Casa de Formación Sacerdotal, está conformado por tres cuarteles. En la parte superior se alza la gloriosa figura de la cruz, que unida al escudo le da forma, puesto que del cuerpo de Cristo clavado en la cruz brotan los sacramentos lo que conlleva al mismo camino que el Maestro y primer Formador de todo Seminario tuvo que recorrer hasta El Calvario.

En el cuartel superior, bajo un fondo azul, que evoca al firmamento, se destaca la laboriosidad con el emblema de tres abejas que, pese a que pueden mantenerse sostenidas en el aire y desplazarse no se ufanan de su destreza, sino que la aplican para su labor silenciosa. El detalle del número tres, la forma triangular del panel superior, así como la división del escudo en tres cuarteles, expresión de un sentido trinitario; Dios Padre, funda- mento de todo cuanto existe, el Hijo que nos llama a ser pescadores de hombres y el Espíritu Santo, presencia divina prometida por Cristo y fuerza de Dios que sostiene a su Iglesia.
El cuartel inferior izquierdo, sobre un fondo verde, los íconos Eucarísticos: una espiga de trigo y un racimo de uvas, ofrendas que representan el trabajo humano. La esperanza cristiana, simbolizada en el verde se alimenta del gozo de la presencia de Cristo, auténtico pan bajado del cielo y el alegre vino del cual un día participaremos en el banquete celestial.
En el cuartel inferior derecho de color rojo hace referencia a la efusión del Espíritu Santo, como fuego que irradia su luz sobre los llamados al sacerdocio, en éste aparece un libro abierto, por excelencia representa la sabiduría que emana de las Sagradas Escrituras y en un segundo plano, el saber, producto de la dimensión académica y doctrinal, impartidas en este Seminario desde hace más de doscientos años, desde el momento en el que el Ilustrísimo Señor Doctor Fray Juan Ramos de Lora, primer Obispo de Mérida, un 29 de marzo de 1785, funda la “Casa de Educación de Jóvenes inclinados al Estado Eclesiástico”.
En la parte superior se destaca la inscripción Seminario Arquidiocesano. Ésta continúa en la parte inferior: San Buenaventura-Mérida. Alrededor las “Cincos Águilas Blancas” de Don Tulio Febres Cordero, expresión de la filiación de nuestra casa de formación Sacerdotal en la Ciudad de los Caballeros. A la vez, estas aves con su vuelo tenaz rinden honor a la hazaña de la Iglesia, de ser fuente de sabiduría, Mater et Magistra, a través de la transmisión de valores intelectuales, teológicos, religiosos y culturales.
I
Juventud un hogar nos espera
un hogar de ventura y paz.
Allí empieza el correcto sendero
que hasta Cristo nos ha de llevar.
Merideños, cantemos unidos
es la gloria de nuestra ciudad,
Seminario: lugar donde se forman
los pastores de nuestra sociedad.
II
En seno germina y germina
la semilla que Cristo regó:
el futuro de un pueblo que espera
de la Iglesia final redención.
III
En sus aulas la ciencia es hermosa
con la fe, la esperanza, el amor;
y así unidas las cuatro en brega
van forjando los cristos de hoy.
IV
Al Obispo Fray Ramos de Lora
compañeros debemos imitar;
todos juntos en un solo cuerpo,
una meta y un mismo ideal.